企业在进行专项审计前，应按照《高新技术企业认定申请书》中的格式，准备好企业研究开发项目情况表、上年度高新技术产品（服务）情况表、企业年度研究开发费用结构明细表以及相关财务资料。然后选择符合条件的中介机构，对企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入进行专项审计。中介机构应客观、公正地进行审计工作，并出具相应的专项审计报告。
