2016高新技术企业认定管理工作指引与2008版有很大的改变，评分更细致，从评分标准的改变：
| 原办法 | 新办法 | |
| 知识产权 | 30 | 30 |
| 研究开发组织管理水平 | 20 | 30 |
| 科技成果转化能力 | 30 | 20 |
| 企业成长性 | 20 | 20 |
1、知识产权的评分变化：指标满分为100分，综合得分达到70分以上（不含70分）为符合认定要求。
| 序号 | 知识产权相关评价指标 | 分值 |
| 1 | 技术的先进程度 | ≤8 |
| 2 | 对主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用 | ≤8 |
| 3 | 知识产权数量 | ≤8 |
| 4 | 知识产权获得方式 | ≤6 |
| 5 | 企业制定国家标准、行业标准、检测方法、技术规范的情况（作为参考条件，最多加2分） | ≤2 |
（1）技术的先进程度
A.高（7-8分） B.较高（5-6分）
C.一般（3-4分） D.较低（1-2分）
E.无（0分）
解读：注重考查技术的含金量，专家的主观判断性强，扣分也会是最严重的。
（2）对主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用
A.高（7-8分） B.较高（5-6分）
C.一般（3-4分） D.较低（1-2分）
E.无（0分）
解读：60%高新收入，是由知识产权支撑的，知识产权转化的产品为主营业务，可以得A分。
（3）知识产权数量
A.1项及以上（Ⅰ类）（7-8分）
B.5项及以上（Ⅱ类）（5-6分）
C.3～4项（Ⅱ类）（3-4分）
D.1～2项（Ⅱ类）（1-2分）
E.0项（0分）
解读：发明专利、植物新品种、新药中药保护品种和集成电路布图设计为Ⅰ类,其他形式的知识产权为Ⅱ类，通常情况下都会有6项，加重发明专利的权重。
（4）知识产权获得方式
A.自主研发（≤6分）
B.受让、受赠和并购等（≤3分）
解读：鼓励自主研发。
（5）企业制定国家标准、行业标准、检测方法、技术规范的情况（此项为加分项，加分后“知识产权”总分不超过30分。相关标准、方法和规范须经国家有关部门认证认可。）
A.是（1-2分）
B.否（0分）
解读：此项针对例如知识产权管理认证体系，这样的认证项目。
认定条件里针对知识产权还有规定，1，合作开发有明确的规定：在申请高薪技术企业及高新技术企业资格存续期内，知识产权有多个权属人时，只能由一个权属人在申请时使用。2，Ⅱ类知识产权在申请高新技术企业时，仅限使用一次。
2、研究开发组织管理水平（≤30分）的评分变化，以前是20分，现在变为30分，此项成为企业能否通过高新的关键。
（1）定制了企业研究开发组织管理制度，建立了研发投入核算体系，编制了研发费用辅助帐；（≤8分）
解读：提供研发管理制度，核算体系，研发费用辅助账。
（2）设立了内部科技技术研究开发机构并具备相应的科研条件，与国内外研究开发机构开展多种形式的产学研合作；（≤7分）
解读：提供研发设备清单，产学研协议。
（3）建立了科技成果转化的组织实施与激励奖励制度，建立开放式的创新创业平台；（≤6分）、
解读：鼓励研发成果转化，从研发到销售的激励制度，鼓励企业员工，自主创新，自主创业。
（4）建立了科技人员的培养进修、职工技能培训、优秀人才引进，以及人才绩效评价奖励制度；（≤6分）
解读：提供一份针对员工成长的绩效评价奖励制度。
（5）开展面向社会公众的科技学技术普及活动。（≤3分）
解读：提供活动照片
3、科技成果转化能力（≤20分），以前是30分。
A.转化能力强，6项以上（16-20分）
B.转化能力较强，4-5项（11-15分）
C.转化能力一般，2-3项（6-10分）
D.转化能力较弱，0-1项（0-5分）
解读：1，数量来说，年平均数以前是5项以上，现在是6项以上，三年的话是是18项。2，同一科技成果分别在国内外转化的，或转化为多个产品、服务、工艺、样品、样机等的，只计为一项。
4.企业成长性(≤20分)
由财务专家选取企业净资产增长率、销售收入增长率和年平均利润率等指标对企业成长性进行评估。企业实际经营期不满三年都按照实际经营时间计算。计算方法如下：
（1）净资产增长率（9分）
净资产增长率=1/2×(第二年末净资产÷第一年末净资产＋第三年末净资产÷第二年末净资产）－1
净资产=资产总额－负债总额
资产总额、负债总额应以具有资质的中介机构鉴证的企业财务报表期末数为准。
解读：请注意，以前是总资产增长率，现在是净资产增长率。
（2）销售收入增长率（7分）
销售收入增长率=1/2×(第二年销售收入÷第一年销售收入＋第三年销售收入÷第二年销售收入）－1
企业净资产增长率或销售收入增长率为负的，按0分计算。第一年净资产或销售收入为0的，按两年计算；第二年净资产或销售收入为0的，按0分计算。
（3）年平均利润率（4分）
年平均利润率=近三个会计年度的利润总额÷同期销售收入总额×100%
以上三个指标分别对照下表评价档次（ABCDE）得出分值，三项得分相加计算出企业成长性指标综合得分。
